Fumina Hirakawa 「請求書のPDFをメールで受け取ったけど、とりあえず印刷してファイリングしておけば大丈夫…？」
「電子帳簿保存法って大企業の話でしょ？うちみたいな小さな事業には関係ないのでは…？」
創業期の経営者や個人事業主の方から、こうした声をよくいただきます。実は、2024年1月から電子取引データの電子保存がすべての事業者に完全義務化されています。規模の大小は関係ありません。にもかかわらず、対応が曖昧なまま事業を続けているケースが少なくないのが現状です。
本記事では、電子帳簿保存法の基本ルールを改めて整理し、個人事業主・小規模法人が最低限やるべき3つのステップを具体的に解説します。税務調査で慌てないために、ぜひ最後までお読みください。
そもそも電子帳簿保存法とは？2024年義務化のポイントをおさらい
電子帳簿保存法（電帳法）は、国税関係の帳簿や書類を電子データで保存するためのルールを定めた法律です。1998年に制定されましたが、2022年（令和4年）の改正で大幅に要件が見直され、2024年1月1日から新ルールが完全施行されました。
電帳法の3つの区分
- ①電子帳簿等保存：会計ソフトで作成した帳簿や決算書類をデータのまま保存する（任意）
- ②スキャナ保存：紙で受領した請求書や領収書をスキャン・撮影して電子保存する（任意）
- ③電子取引データの保存：メール添付のPDF請求書やクラウドサービス上の取引データなど、電子でやり取りしたデータを電子のまま保存する（義務）
創業期の事業者にとって特に重要なのは③の電子取引データの保存です。これは任意ではなく義務であり、すべての事業者が対応しなければなりません。メールで受け取った請求書PDFを印刷して紙だけで保存する運用は、原則として認められなくなっています。
「うちは小規模だから大丈夫」は危険！対応しないリスク
電子取引データの保存義務に対応していない場合、以下のようなリスクが生じます。
- 税務調査で青色申告の承認が取り消される可能性：保存要件を満たしていない場合、帳簿書類の保存が不十分と判断されるリスクがあります。青色申告の65万円控除（個人事業主）や各種特典が使えなくなることは、経営上の大きな打撃です。
- 経費として認められないリスク：データの保存状況が不適切な場合、取引の実在性を証明できず、経費が否認される可能性があります。
- 加算税の加重措置：2024年以降、電子取引データの保存に関して隠蔽・仮装が認められた場合、重加算税が10%加重される規定が設けられています。
なお、税務署長が相当の理由があると認め、かつ税務調査時にデータのダウンロードの求めおよび書面出力に応じられる場合は、保存要件を満たさなくても電子データの保存自体は認められる「猶予措置」があります（令和6年以降の恒久的な措置）。ただし、これはあくまで「要件を満たせない相当の理由がある場合」の救済措置であり、最初から猶予措置に頼る運用は推奨できません。
小規模事業者が最低限やるべき3つのステップ
ステップ1：自社の「電子取引」を洗い出す
まず、日々の取引の中でどのようなデータが電子取引に該当するかを把握しましょう。創業期の事業者でよくある電子取引には、以下のようなものがあります。
- メールに添付されたPDF形式の請求書・見積書・領収書
- Amazon、楽天、モノタロウなどのECサイトで購入した際の電子領収書
- クラウドサービス（AWS、Google Workspace、Zoomなど）の利用明細
- クレジットカード会社のWeb明細
- 電子マネー・QRコード決済の利用履歴データ
- チャットツール（Slack、LINEなど）で送受信した取引関連データ
「思ったより多い」と感じる方がほとんどです。まずは1週間分の取引を振り返り、リストアップしてみてください。
ステップ2：保存要件を満たす保存方法を決める
電子取引データの保存には、以下の「真実性の確保」と「可視性の確保」の要件を満たす必要があります。
真実性の確保（改ざん防止措置）
以下のいずれかの措置を講じる必要があります。
- タイムスタンプが付与されたデータを受領する
- 受領後にタイムスタンプを付与する
- 訂正・削除の履歴が確認できるシステム（またはこれらができないシステム）で保存する
- 「訂正削除の防止に関する事務処理規程」を策定し、それに沿って運用する
小規模事業者に最もハードルが低いのは、事務処理規程の策定です。国税庁のWebサイトにサンプルが掲載されており、自社に合わせて修正するだけで対応できます。費用もかかりません。
可視性の確保（検索機能の確保）
原則として、以下の検索条件で電子データを探せる状態にしておく必要があります。
- 取引年月日
- 取引金額
- 取引先名
ただし、基準期間（2年前）の売上高が5,000万円以下の事業者は、税務調査時にデータのダウンロードの求めに応じられるようにしていれば、検索要件は不要とされています。創業期のスタートアップや個人事業主の多くはこの条件に該当するでしょう。
とはいえ、実務上はファイル名に「20250615_株式会社〇〇_55000」のように日付・取引先・金額を入れておくと、後から探しやすく管理も楽になります。
ステップ3：クラウド会計ソフトを活用して仕組み化する
日々の運用を「仕組み化」するには、クラウド会計ソフトの活用が効果的です。freee、マネーフォワードクラウド、弥生会計オンラインといった主要なクラウド会計ソフトには、電子帳簿保存法に対応した機能が備わっています。
- 証憑（しょうひょう）の自動取り込み：銀行明細やクレジットカード明細を自動連携し、取引データとひも付けて保存
- タイムスタンプの自動付与：アップロードした請求書・領収書のPDFに自動でタイムスタンプを付与（プランによる）
- 訂正・削除履歴の管理：システム上で変更履歴が残るため、改ざん防止措置の要件を満たせる
月額1,000〜3,000円程度のプランでも電帳法対応機能が含まれているものが多く、創業期の投資としては十分にリターンが見込めます。「手作業で管理し続けるコスト」と比較すると、早期にクラウド会計を導入する方が結果的に安上がりです。
税務調査で指摘されないための運用ポイント
ルールを理解し、ツールを導入しても、日々の運用が疎かになれば意味がありません。以下のポイントを意識してください。
- 受領したらその日のうちに保存：メールの請求書PDFを「後で整理しよう」と放置するのが最大のリスク。受け取ったら即座に所定のフォルダまたはクラウド会計にアップロードする習慣をつけましょう。
- 紙と電子を混在させない：「紙の領収書はファイル、PDFは別管理」だと漏れが発生しやすくなります。可能な限り、証憑管理を一元化しましょう。
- 事務処理規程は作って終わりにしない：規程を策定したら、実際にその規程どおりに運用していることが重要です。年に1回は規程の見直しを行い、実態と乖離していないかチェックしましょう。
- バックアップを忘れない：クラウド保存だけでなく、定期的にローカルやUSBなどへバックアップを取っておくと安心です。
2025年・2026年以降に予想される動向
電子帳簿保存法をめぐる制度は今後も見直しが続く見通しです。インボイス制度との連携強化や、電子インボイス（Peppol）の普及に伴い、取引データの電子化はますます進むと予想されます。創業期の今のうちに電子保存の基盤を整えておくことが、将来の事務負担軽減と税務リスクの回避につながります。
まとめ：創業期こそ「電子保存の基盤づくり」を
電子帳簿保存法の対応は、難しそうに見えて、やるべきことを整理すれば創業期の事業者でも十分に対応可能です。
- ステップ1：自社の電子取引を洗い出す
- ステップ2：事務処理規程の策定＋ファイル名ルールの整備で保存要件を満たす
- ステップ3：クラウド会計ソフトを活用して日々の運用を仕組み化する
「対応しなきゃと思いながら、何から始めればいいかわからない」という方は、ぜひお気軽にご相談ください。平川文菜税理士事務所では、創業期の事業者さまに向けて、電子帳簿保存法への対応サポートから日々の経理体制の構築まで、トータルでお手伝いしています。
まずは現状の運用をお聞かせいただき、最適な対応方法を一緒に考えましょう。
お気軽に平川文菜税理士事務所までお問い合わせください。
