法人の中間申告って何？創業2期目以降に発生する予定納税の仕組みと資金準備のコツ

「個人の確定申告がやっと終わった……」とホッとしたのも束の間、法人を設立して2期目を迎えた経営者のもとに届く見慣れない通知書。それが「中間申告」や「予定納税」の案内です。1期目には届かなかったこの通知に戸惑い、「いったい何を、いくら、いつまでに払えばいいの？」と不安になる方は少なくありません。2026年4月、新年度を迎えた今こそ、中間申告の仕組みと資金準備のポイントを押さえておきましょう。

01中間申告・予定納税とは？——なぜ2期目から届くのか

法人の中間申告とは、事業年度の途中で税金の一部を前払いする制度です。国としては税収を年度内で平準化したい狙いがあり、納税者側にも期末に一括で大きな金額を納めなくて済むというメリットがあります。

1期目には届かない理由

中間申告は「前期の確定税額」を基準に計算されます。設立1期目はそもそも前期の実績がないため、中間申告の義務が発生しません。2期目に入って初めて前期実績が存在するようになり、一定額以上の税額があった場合に中間申告書や予定納税の通知が届く仕組みです。

対象となる主な税目

• 法人税：前期の確定法人税額が20万円を超える場合
• 地方法人税：法人税の中間申告義務がある場合に併せて発生
• 法人住民税・法人事業税：各自治体の基準により発生（概ね法人税に連動）
• 消費税：前期の確定消費税額（国税分）が48万円を超える場合

02「予定申告方式」と「仮決算方式」——2つの選び方

中間申告には2つの計算方法があり、納税者が有利な方を選択できます。

予定申告方式（原則）

前期の確定税額の2分の1（年1回の場合）をそのまま納付する方法です。税務署から届く「予定申告書」に記載された金額をそのまま納めるだけなので、手間がかかりません。届いた用紙を提出しなくても、期限までに納付すれば申告があったものとみなされます（みなし申告）。

仮決算方式

事業年度開始から6か月間の実績をもとに仮の決算を行い、中間申告書を作成して納付する方法です。計算の手間はかかりますが、当期の業績が前期より大幅に落ちている場合には税額を抑えられるメリットがあります。

どちらを選ぶべき？——判断の目安

• 前期並みかそれ以上の業績 → 予定申告方式でOK。手間をかけずに済みます。
• 当期の売上・利益が前期より大幅に減少 → 仮決算方式を検討。資金繰りの負担を軽減できます。
• 仮決算の税額が予定申告の税額以上になった場合 → 仮決算方式を選んでも節税にはなりません。予定申告方式が無難です。

なお、法人税で仮決算方式を選んだからといって、消費税も仮決算にしなければならないわけではありません。税目ごとに別々の方式を選ぶことが可能です。

03申告・納付スケジュールを具体例で確認

ここでは、3月決算法人（事業年度：2025年4月〜2026年3月）を例に、2期目の中間申告スケジュールを見てみましょう。

法人税・地方法人税・住民税・事業税の中間申告

事業年度開始日から6か月を経過した日から2か月以内が期限です。

• 事業年度開始日：2025年4月1日
• 6か月経過日：2025年10月1日
• 中間申告期限：2025年11月30日（日曜日の場合は翌営業日）

消費税の中間申告（年1回の場合）

前期の確定消費税額が48万円超400万円以下であれば、年1回の中間申告が必要です。こちらも事業年度開始日以後6か月を経過した日から2か月以内が期限となり、上記と同じ2025年11月末が納期限になります。

たとえば、前期の法人税確定額が80万円だった場合、予定申告方式ならその2分の1にあたる40万円が中間納付額となります。これに地方法人税・住民税・事業税・消費税が加わるため、合計では想像以上の金額になることも珍しくありません。

04資金準備のコツ——「払えない」を防ぐ3つの対策

中間申告で最も多いお悩みは「資金が足りない」というものです。以下の3つの対策で計画的に備えましょう。

対策1：毎月の利益から「納税準備金」を積み立てる

月次決算を行い、利益の約30%を目安に納税用の別口座へ毎月移しておく方法です。法人税の実効税率は中小法人で概ね25〜35%程度ですので、利益の3割を確保しておけば大きなズレは生じにくくなります。

対策2：納税準備預金を活用する

金融機関が提供する「納税準備預金」は、税金の納付目的に限って引き出せる預金です。通常の普通預金よりも有利な金利が設定されている場合があり、利息が非課税になるメリットもあります。

対策3：顧問税理士と四半期ごとに業績を確認する

業績の変動が大きいスタートアップこそ、四半期ごとの損益レビューが効果的です。中間申告の時期が近づく前に税額の見込みを把握できれば、仮決算方式への切り替え判断や融資の準備にも余裕が生まれます。

05中間納付した税金はどうなる？——確定申告との関係

中間申告で納付した税金は、期末の確定申告で精算されます。確定税額が中間納付額より少なければ、差額は還付されます。つまり、中間納付はあくまで「前払い」であり、二重に課税されるわけではありません。

たとえば、中間納付で法人税40万円を納め、確定申告での法人税額が30万円だった場合、差額の10万円は還付されます。ただし、還付金が口座に入金されるまでには申告後1〜2か月程度かかるのが通常です。資金繰り計画ではこのタイムラグも考慮しておきましょう。

062026年度、今から確認しておきたいこと

2026年4月に新年度を迎えた法人は、今のうちに以下の点を確認しておくことをおすすめします。

1. 前期（2025年度）の確定税額を確認し、中間申告の義務があるか把握する
2. 中間申告の納期限をカレンダーに登録する
3. 月次の資金繰り表に中間納付額を組み込む
4. 当期の業績見通しを立て、仮決算方式の検討が必要か判断する

特に創業2期目の法人は、1期目に比べて経費の構造が変わることも多く、想定外の利益や損失が出やすい時期です。早めの情報把握と準備が、経営の安定につながります。