インボイス経過措置80%控除が2026年10月に終了——免税事業者との取引見直しと価格交渉を今から始めるべき理由

「インボイス制度の経過措置があるから、まだ大丈夫」——そう思っていませんか。2026年10月1日から、免税事業者からの仕入れに対する税額控除の割合が80%から50%へ引き下げられます。あと半年。免税事業者に業務を外注しているスタートアップや小規模法人にとって、この変化は利益を直撃するインパクトがあります。しかし、今から動けば十分に対策は間に合います。本記事では、経過措置縮小がもたらす具体的なコスト増を数字で示し、半年前の今やるべき準備と交渉のポイントを解説します。

01インボイス経過措置の全体像をおさらい

2023年10月にスタートしたインボイス制度では、免税事業者からの仕入れについて段階的に仕入税額控除の割合を縮小する経過措置が設けられました。スケジュールは次のとおりです。

• 2023年10月1日～2026年9月30日：仕入税額相当額の80%を控除可能
• 2026年10月1日～2029年9月30日：仕入税額相当額の50%を控除可能
• 2029年10月1日～：控除不可（0%）

つまり、2026年10月を境に控除できる割合が一気に30ポイント下がります。これは実質的な仕入コストの増加を意味します。

0280%から50%への縮小が利益に与えるインパクト

具体的な数字で見てみましょう。免税事業者のフリーランスデザイナーに月額33万円（税込）で業務を外注しているケースを考えます。消費税相当額は3万円です。

現行（2026年9月まで）の控除額

3万円 × 80% = 2万4,000円が仕入税額控除の対象。控除できない額は6,000円です。

2026年10月以降の控除額

3万円 × 50% = 1万5,000円が仕入税額控除の対象。控除できない額は1万5,000円に増加します。

つまり、毎月の実質コスト増は9,000円。年間では10万8,000円の負担増です。外注先が複数ある場合はどうでしょうか。免税事業者3社に同規模の外注をしていれば、年間で約32万4,000円のコスト増となります。

03半年前の「今」動くべき3つの理由

「10月からだから、夏頃に考えればいい」と思う方もいるかもしれません。しかし、以下の理由から2026年4月の今こそ動き出すべきタイミングです。

1. 交渉には時間がかかる：価格交渉や契約条件の変更は、1回の打ち合わせで決まるものではありません。特にフリーランスとの関係性を維持しながら進めるには、複数回のやり取りが必要です。半年あれば余裕をもって進められます。
2. 取引先にも準備期間が必要：免税事業者側がインボイス登録（課税事業者への転換）を検討する場合、届出書の提出や経理体制の整備に時間がかかります。相手の準備期間も考慮に入れましょう。
3. 代替先の選定・テスト期間を確保できる：取引条件が折り合わない場合、新たな外注先を探す必要があります。品質の確認や業務の引き継ぎを含めると、最低でも2～3か月は見ておきたいところです。

04取引見直しの3つの選択肢

免税事業者との取引について、検討すべき選択肢は大きく3つあります。

選択肢A：取引先にインボイス登録を依頼する

相手が課税事業者になれば、適格請求書が発行されるため仕入税額控除は100%可能です。ただし、相手には消費税の申告・納税義務が発生するため、一方的に求めるのではなく、単価の調整を含めて丁寧に協議しましょう。

選択肢B：価格を再交渉する

取引先が免税事業者のままでいることを希望する場合、控除できなくなる消費税相当額を踏まえて、外注単価の引き下げを交渉する方法です。ただし、下請法や独占禁止法上の「買いたたき」に該当しないよう注意が必要です。

選択肢C：課税事業者の外注先に切り替える

業務内容や品質を考慮したうえで、すでにインボイス登録済みの事業者に外注先を変更する方法です。コスト面ではもっともシンプルですが、業務品質の維持と引き継ぎに十分な期間を確保する必要があります。

05価格交渉を円滑に進めるための実務ポイント

交渉は相手との信頼関係が前提です。以下のポイントを意識して進めてください。

制度変更の事実を共有する

まずは経過措置の縮小スケジュールを取引先に正確に伝えましょう。「制度が変わるので一緒に対応を考えたい」というスタンスが大切です。

数字で影響を見える化する

自社の負担増がいくらになるのかを具体的に示し、お互いにとって納得感のある着地点を探しましょう。感覚的な交渉ではなく、数値に基づいた話し合いが合意を得やすくなります。

複数の選択肢を提示する

「インボイス登録してほしい」の一択ではなく、価格調整案や取引条件の変更案など複数の選択肢を用意しておくと、相手も検討しやすくなります。

交渉の記録を残す

メールや議事録など、交渉の経緯は必ず記録に残しましょう。下請法上の問題が生じた際に、十分な協議を行ったことの証拠になります。

062026年4月から10月までのアクションスケジュール

残り半年でやるべきことを、時系列で整理します。

• 4月～5月：免税事業者との取引を棚卸しし、控除縮小によるコスト増を試算する
• 5月～6月：取引先ごとに対応方針（A・B・Cの選択肢）を決定し、交渉を開始する
• 6月～7月：インボイス登録を依頼する場合は、相手の届出手続きを支援・確認する
• 7月～8月：外注先の切り替えが必要な場合は、新規取引先の選定と業務テストを行う
• 8月～9月：新しい取引条件での契約書を締結し、経理処理のフローを更新する
• 10月：新ルール適用開始。請求書の確認体制を整え、スムーズに移行する

07簡易課税を選択している場合の注意点

なお、自社が簡易課税制度を選択している場合は、もともと「みなし仕入率」で仕入税額控除を計算するため、取引先がインボイスを発行できるかどうかは控除額に影響しません。この場合、経過措置の縮小は直接的なコスト増にはつながりません。

ただし、事業拡大に伴い原則課税に切り替えるタイミングでは影響が出ますので、将来の課税方式の変更も視野に入れて取引関係を整理しておくことをおすすめします。