Fumina Hirakawa 「インボイス制度が始まったときに一通り対応したから、もう大丈夫」──そう思っていらっしゃる経営者の方、個人事業主の方は少なくないのではないでしょうか。しかし、制度開始から2年が経過した今、次の大きな節目が近づいています。2026年10月から、免税事業者との取引に関する経過措置が大幅に縮小されるのです。
「取引先から価格交渉の話が来たらどうしよう」「今のままの契約条件で問題ないのだろうか」──そんな不安を感じている方に向けて、今のうちに確認しておきたいポイントを整理しました。当事務所（平川文菜税理士事務所）でも個別のご相談を随時お受けしておりますので、ぜひ最後までお読みください。
そもそもインボイス制度の経過措置とは？
2023年10月1日に開始された適格請求書等保存方式（いわゆるインボイス制度）では、適格請求書発行事業者（＝登録事業者）が発行するインボイスがなければ、原則として仕入税額控除を受けることができません。
しかし、制度開始直後にすべての取引を一気に切り替えることは現実的ではないため、免税事業者からの仕入れについても一定割合の仕入税額控除を認める「経過措置」が設けられました。
経過措置のスケジュール
- 2023年10月1日〜2026年9月30日：仕入税額相当額の80％を控除可能
- 2026年10月1日〜2029年9月30日：仕入税額相当額の50％を控除可能
- 2029年10月1日〜：経過措置終了、控除不可（0％）
つまり、2026年10月以降は、免税事業者からの仕入れに対して控除できる割合が80％から50％へと30ポイントも縮小されるのです。
80％→50％で何が変わる？具体的な影響を数字で確認
ここでは、課税事業者であるA社が免税事業者であるフリーランスBさんに業務委託費として月額33万円（税込）を支払っているケースで考えてみましょう。消費税率10％として、税抜金額は30万円、消費税相当額は3万円です。
現行（80％控除）の場合
A社が控除できる金額：3万円 × 80％ ＝ 2万4,000円
A社の実質的な控除できない負担額：3万円 − 2万4,000円 ＝ 6,000円／月
2026年10月以降（50％控除）の場合
A社が控除できる金額：3万円 × 50％ ＝ 1万5,000円
A社の実質的な控除できない負担額：3万円 − 1万5,000円 ＝ 1万5,000円／月
月あたりの負担増は9,000円、年間にすると10万8,000円の差が生じます。取引先が複数いれば、この影響はさらに大きくなります。
このように、経過措置の縮小は買い手側（課税事業者）のコスト増に直結します。結果として、免税事業者との取引条件の見直しや、登録の要請といった動きが加速することが予想されます。
免税事業者のままでいるか、課税事業者になるか
免税事業者の方にとって、最も大きな判断は「適格請求書発行事業者の登録をするかどうか」です。登録すれば取引先に仕入税額控除のメリットを提供できますが、一方で自身が消費税の申告・納付義務を負うことになります。
判断のポイント
- 主な取引先が課税事業者かどうか：BtoB取引が中心なら、登録しないことで取引を失うリスクがあります。一方、BtoC取引（一般消費者向け）が中心であれば、影響は限定的です。
- 売上規模と納税額のバランス：年間売上が1,000万円以下でも登録は可能です。簡易課税制度や2割特例（後述）を活用すれば、納税額を抑えられる場合もあります。
- 取引先との関係性：長期的な取引維持のために、登録した上で価格改定を交渉する方が建設的なケースもあります。
「2割特例」の適用期限にもご注意を
インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった方が利用できる「2割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）」も、適用期限が定められています。
2割特例は、納付する消費税額を売上に係る消費税額の2割とすることができる制度で、申告時に選択するだけで適用可能です。業種を問わず一律2割で計算できるため、事務負担が大幅に軽減されます。
ただし、この特例が適用できるのは2026年9月30日を含む課税期間まで（個人事業主の場合は2026年分の確定申告まで）です。2027年以降は、本則課税か簡易課税のいずれかを選択する必要があり、届出書の提出期限にも注意が必要です。
今のうちにやっておきたい3つのこと
1. 取引先の登録状況を再確認する
制度開始時には免税事業者だった取引先が、その後登録している可能性もあります。逆に、登録を取り消している場合もあり得ます。国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で最新の登録状況を確認しておきましょう。
2. 契約条件・価格設定を見直す
2026年10月以降のコスト増を見据えて、早めに取引先と話し合いの場を持つことをおすすめします。一方的な値下げ要求は独占禁止法や下請法上の問題になり得るため、双方にとって公正な条件を模索することが重要です。公正取引委員会も、インボイス制度に関連した不当な取引条件の押しつけについて注視している旨を公表しています。
3. 届出書の提出スケジュールを整理する
簡易課税制度の選択届出書は、原則として適用を受けたい課税期間の開始前に提出する必要があります。2割特例終了後にスムーズに簡易課税へ移行するためにも、届出のタイミングを逆算して準備しておきましょう。
まとめ
インボイス制度の経過措置が2026年10月から縮小されることで、免税事業者との取引に関する実質的な税負担が増加します。これは買い手側だけでなく、売り手である免税事業者の方にも、取引条件の変更という形で影響を及ぼす可能性があります。
- 経過措置の仕入税額控除割合：80％（現行）→ 50％（2026年10月〜）→ 0％（2029年10月〜）
- 2割特例の適用期限も2026年分まで（個人事業主の場合）
- 届出書の提出期限や取引条件の見直しなど、今から準備を始めることが重要
「自分のケースではどうなるのか」「登録すべきか、しないべきか」「簡易課税と本則課税、どちらが有利か」──こうしたご判断は、事業の内容や取引構造によって大きく異なります。
平川文菜税理士事務所では、インボイス制度に関する個別のご相談を随時受け付けております。経過措置の縮小を見据えた対応策について、貴社・あなたの状況に合わせた具体的なアドバイスをいたします。どうぞお気軽にお問い合わせください。
