「確定申告で税金を納めすぎていた…」は取り戻せる！更正の請求の仕組み・期限・手続きをわかりやすく解説

「確定申告を済ませた後になって、計上し忘れていた経費が見つかった」「医療費控除やセルフメディケーション税制を使えるのに、申告に含めていなかった」――創業間もない経営者や個人事業主にとって、確定申告後に”払いすぎ”に気づくのは珍しいことではありません。しかし、諦める必要はありません。税法には「更正の請求」という手続きが用意されており、一定の期限内であれば納めすぎた税金を取り戻すことが可能です。本記事では、2026年3月のこの時期だからこそ知っておきたい更正の請求の仕組み・期限・手続きの流れを、具体例を交えてわかりやすく解説します。

01更正の請求とは？確定申告のやり直しとの違い

更正の請求の基本的な仕組み

更正の請求とは、すでに提出した確定申告の内容に誤りがあり、本来より多くの税金を納めてしまっていた場合に、税務署に対して「正しい税額に減額してほしい」と求める手続きです。国税通則法第23条に定められた納税者の権利であり、認められれば差額が還付されます。

「修正申告」との違いを整理

確定申告後の訂正手続きには「修正申告」と「更正の請求」の2種類があります。混同しやすいため、違いを押さえておきましょう。

• 修正申告：税額が少なすぎた（過少申告）場合に、正しい税額へ増額する手続き
• 更正の請求：税額が多すぎた（過大申告）場合に、正しい税額へ減額を求める手続き

つまり、「払いすぎ」を取り戻したい場合に使うのが更正の請求です。

02更正の請求ができる期限は原則5年

更正の請求ができる期限は、原則として法定申告期限から5年以内です。たとえば、令和2年分（2020年分）の所得税の法定申告期限は2021年3月15日ですので、更正の請求期限は2026年3月15日となります。

2026年3月20日現在でいえば、令和3年分（2021年分）以降の所得税確定申告については、まだ更正の請求が可能です。一方、令和2年分についてはすでに期限を過ぎていますので注意が必要です。

03更正の請求の対象になりやすいパターン

創業期の経営者・個人事業主が見落としやすく、更正の請求の対象になりやすい典型的なパターンを紹介します。

パターン1：経費の計上漏れ

開業前に支払った開業費（調査費用、研修費、名刺作成費など）を経費に含めていなかったケースは非常に多いです。たとえば、開業準備に50万円かかっていたのに全額計上し忘れていた場合、所得税率20%の方なら約10万円の税金を多く納めている計算になります。

パターン2：所得控除の適用漏れ

• 小規模企業共済の掛金控除を申告し忘れていた（年間最大84万円の所得控除）
• ふるさと納税の寄附金控除を入れ忘れていた
• 配偶者控除・扶養控除の適用要件を満たしていたのに適用していなかった
• 医療費控除やセルフメディケーション税制を使っていなかった

パターン3：減価償却方法や特例の適用ミス

少額減価償却資産の特例（青色申告の場合、取得価額30万円未満の資産を一括で経費化できる制度）を知らず、通常の減価償却で処理していたケースもよくあります。たとえば28万円のパソコンを4年で減価償却していた場合、初年度に全額経費にできた差額分が過払いとなります。

パターン4：青色申告特別控除額の適用ミス

e-Taxで申告すれば65万円の青色申告特別控除を受けられたのに、紙で提出してしまい55万円しか控除できなかったケース。この場合は申告方法自体の問題であるため更正の請求が認められるかは状況によりますが、帳簿要件を満たしているのに控除額を誤って少なく申告した場合は対象になり得ます。

04更正の請求に必要な書類と手続きの流れ

必要書類

1. 更正の請求書：所得税の場合は「所得税及び復興特別所得税の更正の請求書」（国税庁の書式を使用）
2. 更正の請求の理由を裏付ける書類：計上漏れの経費に関する領収書・請求書、控除の根拠となる証明書（寄附金受領証明書、医療費の明細書、小規模企業共済の払込証明書など）
3. 正しく計算し直した確定申告書の控え：正しい税額がいくらになるかを示す計算書

手続きの流れ

1. 誤りの内容を確認・整理する：どの年分で、どの項目に誤りがあったかを洗い出します。
2. 正しい税額を再計算する：修正後の所得金額・税額を計算し、還付されるべき金額を把握します。
3. 更正の請求書を作成する：国税庁の確定申告書等作成コーナーやe-Taxでも作成可能です。請求の理由欄には、具体的な誤りの内容と正しい計算根拠を記載します。
4. 管轄の税務署に提出する：e-Taxでの電子提出のほか、窓口持参・郵送でも提出可能です。
5. 税務署の審査を経て還付：提出後、税務署が内容を審査します。審査期間はおおむね1〜3か月程度が目安です。問題がなければ「更正通知書」が届き、指定口座に還付金が振り込まれます。

05更正の請求を行う際の注意点

期限切れに注意

前述のとおり、法定申告期限から5年を過ぎると原則として更正の請求はできなくなります。「もしかして払いすぎかも」と感じたら、早めに確認・対応することが重要です。

税務調査のきっかけにはなりにくい

「更正の請求をすると税務調査が来るのでは」と心配される方もいますが、正当な理由に基づく更正の請求はあくまで納税者の権利です。もちろん審査の過程で追加の資料提出を求められることはありますが、更正の請求をしたこと自体が不利に働くことは通常ありません。

住民税・事業税にも影響する

所得税の更正が認められると、それに連動して住民税や個人事業税の税額も減額される可能性があります。所得税だけでなくトータルで還付額を考えると、思った以上に大きな金額になるケースもあります。

06具体例：経費の計上漏れで約20万円の還付

ここで、実際にありがちなケースをシミュレーションしてみましょう。

フリーランスのWebデザイナーAさん（青色申告）は、令和5年分（2023年分）の確定申告で事業所得を450万円と申告しました。しかし、後日確認したところ、以下の計上漏れが見つかりました。

• 業務用ソフトウェアのサブスクリプション費用：年間12万円
• 仕事用に購入したモニター（28万円）の少額減価償却資産特例の適用漏れ：本来は全額経費にできたところ、4年の減価償却で7万円しか計上していなかった（差額21万円）
• 小規模企業共済の掛金控除の申告漏れ：月2万円×12か月＝24万円

これらを合計すると、所得が約57万円過大になっていた計算です。Aさんの所得税率が20%、復興特別所得税を加味すると、所得税だけで約11.6万円、さらに住民税（税率10%）で約5.7万円、合計で約17万円以上の過払いが生じていたことになります。

令和5年分の法定申告期限は2024年3月15日ですから、更正の請求期限は2029年3月15日。2026年3月現在であれば十分に間に合います。