創業期の「10月以降の簡易課税と本則課税の有利不利」が逆転するケースとは？——経過措置50%移行後の仕入構成比別シミュレーション【2026年版】

「創業当初は簡易課税のほうが有利だと聞いていたのに、2026年10月からは本則課税のほうが得になるかもしれない？」——そんな疑問を持つスタートアップ経営者・個人事業主の方が増えています。インボイス制度の経過措置が段階的に縮小されるなか、免税事業者からの仕入が多い創業期の事業者ほど、課税方式の有利不利が従来の常識と逆転する可能性があります。本記事では、2026年10月以降の制度変更を踏まえ、業種・仕入構成比・免税事業者との取引割合の3つの変数でシミュレーションを行い、届出変更の要否を判断する実践的なフレームワークを解説します。

012026年10月に何が変わるのか——経過措置80%から50%への縮小

インボイス制度は2023年10月にスタートしましたが、免税事業者からの仕入に係る仕入税額控除については段階的な経過措置が設けられています。具体的には以下のスケジュールです。

• 2023年10月1日〜2026年9月30日：仕入税額相当額の80%を控除可能
• 2026年10月1日〜2029年9月30日：仕入税額相当額の50%を控除可能
• 2029年10月1日以降：控除不可

つまり、本日2026年9月30日をもって80%控除の期間が終了し、明日10月1日からは50%控除に切り替わります。本則課税を選択している事業者にとっては、免税事業者からの仕入について控除できる額が大きく目減りすることを意味します。

02なぜ創業期に「逆転」が起こりやすいのか

創業期の事業者に特有の事情として、以下の3つが挙げられます。

1. フリーランス・個人事業主への外注比率が高い：創業間もない企業は人件費を抑えるため、免税事業者であるフリーランスに業務委託するケースが多い
2. 取引先の選別が難しい：事業規模が小さいうちは仕入先を自由に選べず、免税事業者との取引を避けにくい
3. 売上規模が基準期間の課税売上高5,000万円以下：簡易課税制度の適用要件を満たしやすく、制度選択の余地がある

これまでは「免税事業者からの仕入が多い＝本則課税でも80%控除できるから大差ない」と判断し、本則課税を維持してきた事業者が少なくありません。しかし、10月以降は控除率が50%に下がるため、実質的な仕入税額控除額が大幅に減少し、簡易課税のみなし仕入率で計算したほうが納税額が小さくなる「逆転現象」が発生し得るのです。

033変数シミュレーション——業種・仕入構成比・免税取引割合で比較

前提条件

以下の前提でシミュレーションを行います。

• 年間課税売上（税抜）：2,000万円
• 消費税率：10%
• 仕入・経費（税抜）の課税売上に対する比率を「仕入構成比」とする

ケース1：サービス業（みなし仕入率50%）

ITコンサル業を営む創業2年目の法人を想定します。仕入構成比40%、うち免税事業者からの仕入が60%の場合を計算します。

• 簡易課税の納税額：2,000万円×10%×（1−50%）＝100万円
• 本則課税の納税額（経過措置50%適用後）：

仕入総額800万円（2,000万円×40%）のうち、課税事業者からの仕入320万円（40%）は全額控除。免税事業者からの仕入480万円（60%）は50%のみ控除可能。

仕入税額控除＝320万円×10%＋480万円×10%×50%＝32万円＋24万円＝56万円

納税額＝200万円−56万円＝144万円

差額は44万円となり、簡易課税が大幅に有利です。

ケース2：卸売業（みなし仕入率90%）

食品卸を営む個人事業主を想定します。仕入構成比80%、うち免税事業者からの仕入が30%の場合。

• 簡易課税の納税額：2,000万円×10%×（1−90%）＝20万円
• 本則課税の納税額（経過措置50%適用後）：

仕入総額1,600万円のうち、課税事業者分1,120万円は全額控除。免税事業者分480万円は50%控除。

仕入税額控除＝112万円＋24万円＝136万円

納税額＝200万円−136万円＝64万円

この場合も簡易課税（20万円）が有利ですが、仮に免税事業者比率が0%なら本則課税の納税額は40万円となり、差は縮まります。

ケース3：製造業（みなし仕入率70%）——逆転が起きにくいケース

仕入構成比70%、免税事業者比率10%の場合。

• 簡易課税：2,000万円×10%×（1−70%）＝60万円
• 本則課税：仕入税額控除＝1,260万円×10%＋140万円×10%×50%＝126万円＋7万円＝133万円。納税額＝200万円−133万円＝67万円

本則課税が67万円で簡易課税が60万円と僅差です。この業種では免税事業者比率がさらに低ければ本則課税が有利になる可能性があり、設備投資のタイミングなどで逆転します。

04判断フレームワーク——3ステップで最適な課税方式を見極める

以下のステップで自社にとって有利な課税方式を検討してください。

1. Step1：仕入構成比を把握する——直近の決算書や試算表から、課税売上に対する課税仕入の比率を算出します。人件費など不課税取引は除外してください。
2. Step2：免税事業者からの仕入割合を特定する——取引先ごとにインボイス登録番号の有無を確認し、免税事業者からの仕入額を集計します。
3. Step3：簡易課税と本則課税の税額を比較する——自社の業種に対応するみなし仕入率を適用した簡易課税の税額と、経過措置50%を織り込んだ本則課税の税額を計算し、有利なほうを選択します。

判断の目安として、以下の傾向があります。

• 免税事業者からの仕入割合が30%以上で、実際の仕入構成比がみなし仕入率を下回る業種 → 簡易課税が有利になりやすい
• 免税事業者からの仕入割合が10%以下で、実際の仕入構成比がみなし仕入率を上回る業種 → 本則課税が有利になりやすい
• 大型の設備投資や高額な課税仕入を予定している期 → 本則課税で還付を受けられる可能性がある

05届出変更時の注意点と今後の展望

簡易課税から本則課税へ、または本則課税から簡易課税へ変更する場合、以下の点に注意が必要です。

• 簡易課税制度選択届出書を提出した場合、原則として2年間は継続適用が義務付けられます（2年縛り）。
• 届出書の提出期限は課税期間開始日の前日です。法人の場合は事業年度開始日の前日、個人事業主は前年の12月31日が期限となります。
• 2029年10月以降は経過措置が完全に終了し、免税事業者からの仕入は一切控除できなくなります。中長期的な取引先構成の変化も見据えた判断が求められます。

創業期は事業環境が大きく変化する時期です。年に一度は課税方式の有利不利を見直し、必要に応じて届出変更を検討しましょう。自社での判断が難しい場合は、税理士への相談をおすすめします。