創業期の「11月に届く年末調整の電子証明書データ」をマイナポータル連携で一括取得する方法【2026年版】

「従業員から保険料控除証明書をまだもらえていない」「紙の証明書を紛失したと言われて再発行待ち」——11月に入ると、こうした年末調整のやり取りに振り回される経営者の方は多いのではないでしょうか。特に創業したばかりで従業員3人以下の小規模事業者にとっては、たった数枚の書類でも処理の手戻りは大きな負担になります。実は2020年以降に段階的に整備されてきたマイナポータル連携を使えば、保険料控除証明書や住宅ローン残高証明書などを電子データとして一括取得し、紙の紛失リスクをゼロにできます。本記事では、2026年版の最新手順に基づき、小規模事業者がすぐに実践できる具体的な設定方法と運用フローを解説します。

01マイナポータル連携で取得できる年末調整の電子証明書データとは

マイナポータル連携とは、マイナンバーカードを利用して各種控除証明書等の電子データ（XMLファイル）を一括取得できる仕組みです。年末調整において取得可能な主なデータは以下のとおりです。

• 生命保険料控除証明書
• 地震保険料控除証明書
• 社会保険料（国民年金保険料）控除証明書
• 小規模企業共済等掛金払込証明書（iDeCoなど）
• 住宅ローン残高証明書（住宅借入金等特別控除用）
• 住宅ローン控除の年末調整用データ（適用2年目以降）

従来はこれらの証明書がバラバラの時期に紙で届き、従業員が保管・提出するまで年末調整作業を進められませんでした。マイナポータル連携を使えば、11月上旬以降に順次発行される電子データを画面上で一括取得できるため、紙の管理から完全に解放されます。

02従業員3人以下の創業期でもあえて電子化するメリット

「従業員が少ないから紙でも十分では？」という声もありますが、創業期だからこそ電子化するメリットは大きいといえます。

紙の証明書紛失リスクがゼロになる

従業員1人でも紛失が起きれば、再発行に2～3週間かかることがあります。年末調整の提出期限である翌年1月31日に間に合わなくなるリスクを考えると、電子データで確実に管理するほうが安全です。

経営者自身の作業時間を削減できる

創業期は経営者が総務・経理を兼務していることが大半です。ある調査では、年末調整にかかる1人あたりの事務処理時間は平均約30分～1時間とされています。電子データをそのまま年末調整ソフトに取り込めれば、手入力の時間と転記ミスの確認作業が大幅に減ります。仮に従業員3人分でも合計1.5～3時間の削減効果が見込めます。

将来の従業員増加にもスムーズに対応できる

少人数のうちに電子化の運用フローを構築しておけば、従業員が増えたときにも仕組みを変える必要がありません。創業期は「仕組みづくりの投資期間」と捉えましょう。

03事前準備——従業員側で必要な設定

マイナポータル連携で電子証明書データを取得するのは従業員本人です。経営者は以下の準備を従業員に案内しましょう。

ステップ1：マイナンバーカードとスマートフォンの準備

1. マイナンバーカードを取得済みであることを確認する（未取得の場合は市区町村窓口またはオンラインで申請）
2. マイナポータルアプリ（iOS／Android対応）をスマートフォンにインストールする
3. アプリを起動し、マイナンバーカードを読み取ってログインする

ステップ2：民間送達サービスとの連携設定

1. マイナポータルにログイン後、「もっとつながる」メニューから民間送達サービス（e-私書箱など）との連携を設定する
2. 連携先として、自分が契約している保険会社・金融機関を選択し、それぞれの利用規約に同意して紐付けを行う
3. 紐付けが完了すると、各社が発行する電子証明書データがマイナポータル経由で受け取れる状態になる

ステップ3：電子証明書データの一括取得

1. マイナポータルにログインし、「わたしの情報」または「お知らせ」から届いている控除証明書データを確認する
2. 年末調整で使用するデータを選択し、XMLファイルとしてダウンロードする
3. ダウンロードしたXMLファイルを、会社が指定する年末調整ソフト（またはe-Taxソフト）に取り込む

04会社側（経営者側）の受け入れ体制と運用フロー

従業員が取得した電子データを年末調整に反映するために、会社側で整えておくべき体制を説明します。

年末調整ソフトの電子データ取り込み対応を確認する

国税庁が無料で提供している「年末調整控除申告書作成用ソフトウェア（年調ソフト）」はXMLファイルの取り込みに対応しています。また、freee人事労務、マネーフォワードクラウド年末調整、弥生給与など主要なクラウド給与ソフトも電子データの取り込みに対応済みです。

創業期におすすめの運用フロー（従業員3人以下）

1. 11月上旬：従業員にマイナポータル連携設定の案内メールを送付する
2. 11月中旬（本日時点）：従業員が電子証明書データを一括取得し、XMLファイルを会社指定のクラウドストレージまたは年末調整ソフトにアップロードする
3. 11月下旬：経営者（または税理士）が取り込んだデータの内容を確認し、控除申告書を作成する
4. 12月の給与支給時：年末調整の精算を反映した給与を支給する
5. 翌年1月：法定調書・給与支払報告書を提出する

従業員3人以下であれば、XMLファイルの受け渡しはメール添付やチャットツールでも十分対応可能です。ただし、マイナンバーを含む情報のやり取りが発生する場合はセキュリティに十分注意してください。XMLファイル自体にはマイナンバーは含まれませんが、社内の安全管理措置は別途必要です。

05つまずきやすいポイントと対処法

電子データが届かない場合

保険会社・金融機関によって電子データの発行時期が異なります。早いところでは10月上旬、遅いところでは11月下旬に発行されることもあります。マイナポータルの「お知らせ」に届いていない場合は、契約先の公式サイトで発行スケジュールを確認しましょう。

中途入社の従業員がいる場合

前職の源泉徴収票は電子データとして取得できない場合がほとんどです。前職の源泉徴収票は紙またはPDFで受け取り、それ以外の控除証明書を電子化するという「ハイブリッド運用」で問題ありません。

経営者自身の年末調整

役員報酬を受け取っている経営者自身も、マイナポータル連携で自分の控除証明書を電子取得できます。経営者が率先して電子化することで、従業員への案内もスムーズになります。

062026年の年末調整スケジュールに間に合わせるために今やるべきこと

本日2026年11月15日時点で、まだマイナポータル連携の設定が済んでいない場合でも間に合います。以下を今週中に実行してください。

1. 従業員にマイナポータルアプリのインストールと民間送達サービスとの連携設定を依頼する
2. 自社で使用している年末調整ソフトがXMLファイルの取り込みに対応しているか確認する
3. 11月末までに全員分の電子証明書データを回収するスケジュールを共有する

初年度は設定に多少の手間がかかりますが、一度連携を済ませてしまえば翌年以降は自動的に電子データが届きます。創業期の「仕組みづくり」として、今年から電子化に取り組むことをおすすめします。