Fumina Hirakawa 「簡易課税を届け出ているのに、経過措置の50%控除も使えるの？」——2026年10月からインボイス経過措置の控除割合が80%から50%に縮小され、創業期の事業者さまからこうしたご質問が急増しています。結論から言えば、簡易課税と経過措置は「どちらか一方」しか適用されません。しかし届出のタイミングや課税期間の途中で届出の効力が生じるケースなど、実務上の落とし穴は少なくありません。本記事では、届出状況と取引パターンごとに消費税の計算方法を整理し、申告書の記載ミスを防ぐための具体的なフローを解説します。
012026年10月から何が変わるのか——経過措置50%縮小の全体像
インボイス制度の導入に伴い、免税事業者など適格請求書発行事業者以外からの仕入れについて、一定期間は仕入税額の一部を控除できる経過措置が設けられています。その控除割合は以下のとおり段階的に縮小されます。
- 2023年10月1日〜2026年9月30日：仕入税額相当額の80%を控除可能
- 2026年10月1日〜2029年9月30日：仕入税額相当額の50%を控除可能
- 2029年10月1日以降：控除不可（全額が控除対象外）
2026年10月21日現在、すでに50%控除の期間に入っています。創業期のスタートアップや個人事業主の方は、取引先に免税事業者が含まれるケースも多く、この経過措置をどのように消費税計算に反映させるかが重要なテーマとなります。
02大前提——簡易課税と経過措置は併用できない
まず最も重要なポイントを押さえましょう。簡易課税制度を適用している課税期間では、インボイス経過措置の50%控除は使えません。これは簡易課税の仕組みそのものに理由があります。
簡易課税の計算構造
簡易課税では、実際の仕入税額を集計するのではなく、売上にかかる消費税額に「みなし仕入率」を掛けて仕入税額控除額を算出します。つまり仕入先がインボイス発行事業者かどうかは一切関係がありません。そのため、免税事業者からの仕入れについて経過措置の50%控除を別途適用する余地がないのです。
ポイント：簡易課税が適用される課税期間は、すべての仕入税額控除がみなし仕入率で計算されるため、経過措置の50%控除は論理的に「出番がない」状態です。届出済みであれば、免税事業者からの仕入れが多くても少なくても計算結果は変わりません。
本則課税の場合のみ経過措置が機能する
経過措置の50%控除が活きるのは、本則課税（一般課税）で申告する場合のみです。本則課税では実際の仕入税額を積み上げて計算するため、インボイスの有無によって控除額が変わります。そこで「適格請求書のない仕入れでも50%は控除してよい」という経過措置が適用されるわけです。
03届出状況別——3つの計算パターンを整理
創業期の事業者が陥りやすい混乱を防ぐために、届出状況に応じた消費税計算のパターンを整理します。
パターンA：簡易課税届出済み＋適用中
「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出済みで、2026年10月を含む課税期間に簡易課税が適用されているケースです。
- 消費税額＝売上にかかる消費税額 −（売上にかかる消費税額 × みなし仕入率）
- 経過措置50%控除は適用不可
- 免税事業者からの仕入れが多くても計算に影響なし
例：サービス業（第五種・みなし仕入率50%）で課税売上高が年間600万円（税抜）の場合、仕入税額控除額は売上にかかる消費税60万円×50%＝30万円。納付税額は30万円です。仕入先のインボイス登録状況は問いません。
パターンB：簡易課税届出なし（本則課税）
簡易課税の届出を行っていない事業者は本則課税で申告します。この場合に経過措置50%控除が適用されます。
- インボイスありの仕入れ：仕入税額の100%を控除
- インボイスなしの仕入れ：仕入税額相当額の50%を控除（2026年10月以降）
例：課税売上高600万円（税抜）、仕入・経費の合計が400万円（税抜）で、うち100万円がインボイスなしの免税事業者からの仕入れの場合を考えます。
- 売上にかかる消費税：60万円
- インボイスあり仕入の税額控除：300万円×10%＝30万円
- インボイスなし仕入の税額控除：100万円×10%×50%＝5万円
- 仕入税額控除合計：35万円
- 納付税額：60万円−35万円＝25万円
パターンC：課税期間の途中で届出の効力が生じるケース
創業期に多いのが、事業開始と同時に「消費税課税事業者選択届出書」と「簡易課税制度選択届出書」を同時に提出するケースです。設立初年度（第1期）から簡易課税を適用する場合、その課税期間の初日の前日までに届出が必要ですが、新設法人や新規開業の場合は課税期間中の届出でもその期間から適用が認められます。
この場合、その課税期間全体に簡易課税が適用されるため、期間の途中から50%控除に切り替わるような「混在」は生じません。あくまで課税期間単位でどちらか一方が適用されます。
注意：簡易課税の届出を提出したつもりが「届出書の控えが見当たらない」「税務署に届いていなかった」というケースが実務上散見されます。この場合、本則課税での申告が必要となり、経過措置の50%控除の適用可否も含めて計算をやり直すことになります。届出状況は必ずe-Taxの「届出書等の提出状況確認」や所轄税務署への問い合わせで確認しましょう。
04申告書の記載ミスを防ぐ実務フロー
よくある申告書の記載ミスとその防止策をフローで整理します。
ミス1：簡易課税なのに経過措置控除欄に記載してしまう
簡易課税の申告書（第一表・第二表）を使用する場合、本則課税用の「付表2」は提出しません。それにもかかわらず、免税事業者からの仕入れについて経過措置の控除額を別途計算し、申告書のどこかに反映させようとする誤りが見られます。簡易課税では仕入税額の個別計算は一切不要です。
ミス2：本則課税なのに経過措置を適用し忘れる
逆に、本則課税の事業者が免税事業者からの仕入れを「控除不可」として全額除外してしまうケースもあります。2026年10月以降も2029年9月末までは50%控除が認められるため、適用漏れは納税額の過大計算に直結します。
実務チェックフロー
- 自社の届出状況を確認する（簡易課税選択届出書の提出有無）
- 簡易課税が適用される課税期間か判定する（基準期間の課税売上高が5,000万円以下であることも確認）
- 簡易課税適用 → みなし仕入率で計算。経過措置は考慮不要
- 本則課税適用 → 仕入先ごとにインボイスの有無を区分し、インボイスなし仕入れには50%を乗じて控除額を計算
- 申告書の使用様式が正しいか最終確認（簡易課税なら第一表＋第二表＋付表4・5、本則課税なら第一表＋第二表＋付表1・2）
仕訳例で確認する（本則課税・経過措置50%の場合）
免税事業者から税込55,000円（税抜50,000円・消費税相当額5,000円）の備品を購入したケース：
- 借方：消耗品費 52,500円 ／ 貸方：現金 55,000円
- 借方：仮払消費税 2,500円（5,000円×50%）
控除対象外となる2,500円は消耗品費（経費）に含めて処理します。会計ソフトの「区分記載」設定で「80%控除対象」から「50%控除対象」への切替えが正しく行われているかも確認してください。
05創業期に簡易課税と本則課税のどちらを選ぶべきか
届出状況によって計算方法がまったく異なることがわかったところで、創業期にどちらを選ぶべきかについても触れておきます。
- 仕入・経費が少ない業種（コンサルティング、デザイン、IT開発など）：簡易課税が有利になるケースが多い。仕入先のインボイス登録状況を気にしなくてよいのもメリット
- 仕入・設備投資が多い業種（飲食、小売、製造など）：本則課税で実額控除したほうが有利になる場合がある。ただし免税事業者からの仕入れが多い場合は50%しか控除できない点に注意
- 創業初年度に大きな設備投資がある場合：本則課税なら消費税の還付を受けられる可能性があるが、簡易課税では還付は受けられない
選択は課税期間単位で固定されるため、事前のシミュレーションが欠かせません。判断に迷われる場合は、税理士にご相談いただくことをおすすめします。
- 2026年10月以降、インボイス経過措置の仕入税額控除割合は80%から50%に縮小された
- 簡易課税を適用している課税期間では、経過措置の50%控除は適用されない（併用不可）
- 経過措置の50%控除が使えるのは本則課税（一般課税）で申告する場合のみ
- 届出の提出漏れ・届出状況の確認不足が申告ミスの最大の原因。e-Taxや所轄税務署で必ず確認を
- 申告書の様式選択を誤ると計算ロジックごと間違えるため、チェックフローに沿って最終確認する
- 創業期はどちらの制度が有利かを事前にシミュレーションし、適切な届出を行うことが重要
