Fumina Hirakawa 2025年分の確定申告が終わり、ほっと一息ついている方も多いのではないでしょうか。しかし、申告書の控えをあらためて確認してみると、「青色申告特別控除」の欄が55万円や10万円になっていた——そんな経験はありませんか。65万円控除を受けられるはずなのに要件を満たせず、結果的に10万円分の控除を取りこぼしているケースは、私たちの事務所でもご相談が後を絶ちません。2026年分の申告に向けて、今のうちにご自身の申告環境を点検しておきましょう。
01青色申告特別控除の3つの控除額を整理する
青色申告特別控除には、65万円・55万円・10万円の3段階があります。まずは全体像を押さえておきましょう。
控除額ごとの主な要件
- 65万円控除：複式簿記による帳簿作成＋貸借対照表・損益計算書の添付＋期限内申告＋「e-Taxによる電子申告」または「優良な電子帳簿保存」のいずれかを満たすこと
- 55万円控除：複式簿記による帳簿作成＋貸借対照表・損益計算書の添付＋期限内申告（電子申告・電子帳簿保存の要件を満たさない場合）
- 10万円控除：上記の要件を満たさない青色申告者（簡易簿記など）
つまり、55万円控除と65万円控除の差はたった1つ、「e-Tax電子申告」か「優良な電子帳簿保存」かという要件だけです。この10万円の差は、所得税率20％の方であれば所得税だけで年間2万円、住民税10％と合わせると年間約3万円の差額になります。5年間で約15万円——決して小さくない金額です。
02「e-Taxで電子申告」の落とし穴
多くの個人事業主やスタートアップ経営者が選ぶのが、e-Taxによる電子申告で65万円控除を受ける方法です。一見シンプルに思えますが、実は意外な落とし穴があります。
よくある失敗パターン
- 会計ソフトで作成した申告書を「紙で印刷・郵送」してしまった
クラウド会計ソフトで複式簿記をつけていても、最終的にe-Taxで送信しなければ65万円控除は適用されません。PDFで出力して印刷・郵送した場合は55万円止まりです。 - マイナンバーカードの電子証明書が期限切れだった
マイナンバーカードの電子証明書には5年の有効期限があります。更新手続きを忘れたままe-Tax送信に失敗し、やむを得ず紙で提出するケースが散見されます。 - 決算書のみ紙提出になっていた
確定申告書本体はe-Taxで送信したものの、青色申告決算書（貸借対照表・損益計算書）を別途紙で郵送してしまうと、「電子申告」の要件を満たさないと判断されるリスクがあります。申告書と決算書はセットで電子送信することが重要です。 - 税理士に依頼したが代理送信であることを確認していなかった
税理士が代理送信する場合もe-Tax要件は満たされますが、依頼時に「電子申告で提出してほしい」と明確に伝えていないと、紙提出になっている場合があります。
ポイント：e-Taxによる電子申告で65万円控除を受けるには、確定申告書と青色申告決算書の両方を電子データで送信する必要があります。どちらか一方でも紙で提出すると、55万円控除にとどまる可能性があるため注意しましょう。
03「優良な電子帳簿保存」のハードルは意外と高い
e-Tax以外のもう一つのルートが「優良な電子帳簿保存」です。こちらは電子帳簿保存法に基づく要件を満たした帳簿をデータで保存する方法ですが、実務上のハードルはかなり高めです。
優良な電子帳簿保存の主な要件
- 訂正・削除の履歴が残るシステムで記帳すること（訂正削除履歴の確保）
- 帳簿間の相互関連性が確保されていること
- 検索機能（取引年月日・取引金額・取引先での検索）が備わっていること
- 所轄税務署長へ届出書を提出していること（仕訳帳・総勘定元帳など対象帳簿を届け出る必要があります）
特に見落としやすいのが「届出書の提出」です。2022年以降、電子帳簿保存法の改正により電子取引データの保存は義務化されましたが、65万円控除の要件となる「優良な電子帳簿保存」はあくまで任意の届出制度です。届出書を提出していなければ、どれだけ優秀な会計ソフトを使っていても65万円控除の根拠にはなりません。
注意：「電子帳簿保存法に対応している会計ソフトを使っている＝優良な電子帳簿保存の要件を満たしている」ではありません。ソフトが対応していることと、届出書を提出し実際に法令上の要件を充足していることは別の問題です。2026年分の申告でこの方法を使いたい場合は、あらかじめ届出が必要ですのでお早めにご確認ください。
042026年分の申告に向けて今やるべきチェックリスト
2026年分（2027年2月16日～3月15日に申告）の確定申告で確実に65万円控除を受けるために、2026年4月の今、点検しておきたい項目を整理しました。
e-Tax電子申告ルートの場合
- マイナンバーカードを取得済みか確認する（未取得の方は早めに申請）
- 電子証明書の有効期限を確認する（2026年中に切れる場合は更新手続きを行う）
- e-Taxの利用者識別番号を取得済みか、またはマイナポータル連携が設定済みか確認する
- 使用している会計ソフトがe-Tax送信に対応しているか確認する
- 昨年分の申告で確定申告書・決算書ともに電子送信できていたか、受信通知（メール詳細）を確認する
優良な電子帳簿保存ルートの場合
- 使用中の会計ソフトがJIIMA認証等で「優良な電子帳簿」の要件を満たす機能を持っているか確認する
- 所轄税務署長に「国税関係帳簿の電磁的記録等による保存等に係る届出書」を提出済みか確認する
- 訂正・削除履歴が実際にシステム上で記録される設定になっているか、テスト仕訳で確認する
共通チェック項目
- 複式簿記で記帳しているか（簡易簿記では10万円控除止まり）
- 貸借対照表と損益計算書を作成・添付できる体制か
- 申告期限（2027年3月15日）内に必ず提出できるスケジュールを組んでいるか（期限後申告では65万円控除も55万円控除も適用不可で10万円控除になります）
05結局どちらのルートがおすすめ？
結論から申し上げると、多くの個人事業主やスタートアップ経営者には「e-Taxによる電子申告」ルートをおすすめします。理由はシンプルで、マイナンバーカードさえあれば追加の届出なしに65万円控除の要件を満たせるからです。
一方、「優良な電子帳簿保存」ルートは、過少申告加算税が5％軽減されるというメリットもあるため、ある程度売上規模が大きく、税務調査リスクにも備えたい方には検討の価値があります。ただし、要件の充足にはシステム面・手続面ともに注意が必要ですので、税理士に相談しながら進めるのが安全です。
なお、両方の要件を同時に満たすことも可能です。e-Taxで電子申告しつつ、優良な電子帳簿保存の届出も行っておけば、万が一e-Tax送信にトラブルがあった場合のバックアップにもなります。
06まとめ
- 青色申告特別控除65万円を受けるには「e-Tax電子申告」または「優良な電子帳簿保存」が必要。要件を満たさないと55万円控除にとどまり、年間約3万円（所得税＋住民税、税率30％の場合）の損になる。
- e-Tax電子申告では、申告書と決算書の両方を電子送信すること、マイナンバーカードの電子証明書の有効期限切れに注意すること。
- 優良な電子帳簿保存では、会計ソフトの対応だけでなく、税務署への届出書の提出が必須。「ソフト対応＝要件充足」ではない。
- 2026年分の申告に向けて、今のうちにマイナンバーカード・電子証明書・会計ソフトの設定を点検しておくのが得策。
- 期限後申告では65万円・55万円控除ともに適用不可。スケジュール管理も控除額を守る重要な要素。
