創業期の「10月以降の免税事業者との新規取引開始」で経過措置50%控除を正しく適用するための契約・経理・申告の実務フロー【2026年版】

「2026年10月からインボイスの経過措置が縮小されるらしいけど、これから新しく取引を始める免税事業者との契約はどう扱えばいいの？」――創業間もないスタートアップや個人事業主の方から、こうしたご相談が増えています。既存取引の見直しに関する情報は多い一方、新規取引についての実務フローはまだ整理されていないケースが少なくありません。本記事では、2026年10月以降に免税事業者と新たに取引を開始する場面を想定し、契約書の記載事項から会計ソフトの設定、消費税申告書への反映までを時系列で解説します。

012026年10月からの経過措置はどう変わるのか

経過措置の全体像をおさらい

2023年10月のインボイス制度開始と同時に設けられた経過措置では、免税事業者からの仕入れであっても一定割合の仕入税額控除が認められています。その控除割合は段階的に縮小される設計です。

• 2023年10月1日～2026年9月30日：仕入税額相当額の80％を控除可能
• 2026年10月1日～2029年9月30日：仕入税額相当額の50％を控除可能
• 2029年10月1日以降：控除不可（経過措置終了）

つまり、2026年10月1日以降に行われる課税仕入れについては、これまでの80％控除から50％控除へと縮小されます。新たに免税事業者と取引を始める場合、最初から50％控除が前提となるため、取引条件の設計段階からこの点を織り込む必要があります。

新規取引でも経過措置は使えるのか

経過措置の適用要件として「2023年9月30日以前から継続している取引であること」は求められていません。したがって、2026年10月以降に新たに開始する免税事業者との取引であっても、所定の要件を満たせば50％控除の適用が可能です。ただし、帳簿への一定の記載や区分経理の対応が必須となります。

02取引開始前：契約書に盛り込むべき記載事項

免税事業者との新規取引を開始する際、契約段階で以下の事項を明確にしておくことが後工程のトラブルを防ぎます。

確認・記載すべき5つの項目

1. 相手方のインボイス登録状況：適格請求書発行事業者でないことの確認（登録番号の有無）
2. 取引価格の消費税相当額の取り扱い：税込価格か税抜価格か、消費税相当額を別途請求するのかを明記
3. 請求書の記載様式：区分記載請求書等の保存要件を満たす様式での発行を依頼
4. 登録番号取得時の通知義務：相手方が将来インボイス登録した場合の通知条項
5. 価格改定条項：経過措置の縮小・終了に伴う価格見直しの余地を残す条項

特に創業期は口頭ベースで取引を始めがちですが、少なくとも上記5項目を盛り込んだ簡易な契約書または発注書を交わしておくことを強くおすすめします。

03取引開始後：会計ソフトの税区分設定と日常経理

税区分の設定がカギ

経過措置の50％控除を正しく適用するには、会計ソフト上で免税事業者からの仕入れを通常の課税仕入れと区別して記帳する必要があります。主要な会計ソフトでは、以下のような税区分が用意されています（名称はソフトにより異なります）。

• 「課税仕入（経過措置50％）」
• 「課対仕入・免税80％」→ 2026年10月以降は「課対仕入・免税50％」へ変更
• 「インボイスなし仕入（50％控除）」

freee、マネーフォワード クラウド、弥生会計などの主要ソフトでは、2026年10月の経過措置縮小に合わせてアップデートが予定されています。取引開始前にソフトの税区分設定を確認し、必要に応じて手動で追加しておきましょう。

日常仕訳の具体例

たとえば、免税事業者のフリーランスデザイナーにロゴ制作を税込55,000円（税抜50,000円、消費税相当額5,000円）で発注した場合を考えます。

通常の課税仕入れであれば消費税5,000円の全額が仕入税額控除の対象ですが、経過措置50％控除の場合は5,000円×50％＝2,500円のみが控除対象です。残りの2,500円は法人税・所得税の計算上、費用（損金）として処理します。

仕訳としては、税区分を「課税仕入（経過措置50％）」に設定して55,000円を経費計上すれば、申告時に会計ソフト側で自動的に控除額を按分してくれるのが一般的です。手動計算が必要なソフトの場合は、控除対象外の消費税相当額を「雑損失」や「租税公課」で別途計上する方法もあります。

04決算・申告時：消費税申告書への反映手順

申告書の記載箇所

消費税申告書（一般用）では、経過措置の適用を受ける課税仕入れについて、付表2「課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表」で区分して記載します。具体的には以下の流れです。

1. 会計ソフトから消費税集計表（税区分別）を出力し、「経過措置50％控除」に該当する仕入税額を確認
2. 付表2の該当欄に、50％控除後の金額を記載
3. 申告書本表の「控除対象仕入税額」欄に、通常の課税仕入れ分と合算して転記

簡易課税制度を選択している事業者の場合は、みなし仕入率による計算のため、経過措置の区分経理は消費税申告上は不要です。ただし、帳簿保存の観点から区分記帳自体は行っておくことが望ましいでしょう。

申告期限と届出の確認

2026年10月以降の取引が含まれる課税期間の消費税申告では、80％控除と50％控除が混在する可能性があります。個人事業主で12月決算の場合、2026年1月～9月分は80％控除、2026年10月～12月分は50％控除と、同一の申告書内で2つの控除率を使い分ける必要がある点に注意してください。3月決算法人であれば、2027年3月期の申告で同様の混在が生じます。

05実務フローまとめ：取引開始から申告までの全体像

ここまでの内容を時系列で整理すると、以下のようなフローになります。

1. 取引検討段階：相手方のインボイス登録状況を確認。免税事業者と判明したら50％控除前提で取引条件を検討
2. 契約締結：消費税相当額の扱い、請求書様式、登録番号取得時の通知義務、価格改定条項を契約書に明記
3. 会計ソフト設定：税区分「経過措置50％控除」を確認・設定。取引先マスタに免税事業者フラグを付与
4. 日常経理：仕訳入力時に正しい税区分を選択。帳簿の摘要欄に「経過措置適用」の旨を記載
5. 決算整理：税区分別集計で50％控除の対象額を確認。控除対象外消費税の費用処理を確認
6. 消費税申告：付表2で経過措置分を区分記載し、申告書本表に反映