確定申告の「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」を最大活用するための領収書整理術——11月から始めれば申告時に慌てない【2026年版】

「医療費の領収書、引き出しに放り込んだまま……」。創業期の経営者や個人事業主の方から、確定申告シーズンになるたびにそんな声を耳にします。医療費控除とセルフメディケーション税制は、どちらを選ぶかで還付額が変わりますが、その判定には年間の支出総額の集計が欠かせません。2026年11月の今、1〜10月分の領収書を一気に整理しておけば、年末までの残り2か月の支出を見込んだうえで最も有利な選択が可能になります。本記事では、忙しい経営者の方でも取り組める実践的な手順を解説します。

01医療費控除とセルフメディケーション税制の基本をおさらい

医療費控除の概要

医療費控除は、その年の1月1日から12月31日までに支払った医療費が一定額を超えた場合に、所得から差し引ける制度です。控除額の計算式は次のとおりです。

控除額 ＝ 支払った医療費の合計 − 保険金などで補てんされる金額 − 10万円（※）

※総所得金額等が200万円未満の方は、総所得金額等の5％が足切りラインになります。控除の上限は200万円です。

セルフメディケーション税制の概要

セルフメディケーション税制は、医療費控除の特例として設けられた制度で、特定一般用医薬品等（スイッチOTC医薬品など対象医薬品）の年間購入額が12,000円を超えた場合に、その超えた部分（上限88,000円）を所得から控除できます。適用を受けるには、申告者が健康診断や予防接種などの「一定の取組」を行っていることが要件です。

0211月に始める領収書整理の3ステップ

確定申告期限の2027年3月15日まで、まだ4か月以上あります。しかし年末年始は繁忙期という経営者も多いはず。11月の今こそ手を動かすベストタイミングです。

ステップ1：1〜10月分の領収書を「医療費」と「OTC医薬品」に仕分ける

1. 引き出しや財布、封筒などに散在している領収書をすべて一か所に集める
2. 「病院・歯科・薬局（処方薬）」と「ドラッグストア（OTC医薬品）」の2つに大きく分類する
3. OTC医薬品のうちセルフメディケーション税制の対象品は、レシートに「セルフメディケーション税制対象」や「★」マークが印字されているため、それを目印に抽出する
4. それぞれの合計金額を仮集計する

ステップ2：マイナポータルの医療費通知データを活用する

マイナンバーカードを利用して「マイナポータル」にログインすると、健康保険が適用された医療費の情報を電子データとして閲覧・ダウンロードできます。このデータは確定申告書への自動入力にも対応しており、手入力の手間を大幅に削減できます。

• マイナポータルの「わたしの情報」から医療費通知情報を確認
• e-Taxと連携すれば、医療費控除の明細書に自動で反映される
• ただし、自由診療・歯科の自費治療・OTC医薬品購入分は反映されないため、領収書での補完が必要
• データ反映のタイムラグ（おおむね2〜3か月程度）があるため、直近分は領収書で管理する

ステップ3：残り2か月（11〜12月）の支出見込みを加算する

仮集計した1〜10月分の金額に、年末までの通院予定や薬の購入予定を加味して年間見込み額を算出します。たとえば、毎月の通院が続く場合は月平均額の2か月分を足せば概算が出せます。

03有利判定のシミュレーション——具体例で比較

たとえば、2026年分の年間支出が以下のようなケースを考えてみましょう。

• 病院・歯科の自己負担額（保険金差引後）：8万円
• 処方薬代：2万円
• セルフメディケーション税制対象のOTC医薬品：5万円
• 通院交通費：1万円
• 総所得金額：500万円（所得税の税率20％と仮定）

パターンA：医療費控除を選択した場合

医療費の合計は8万＋2万＋5万＋1万＝16万円です。ここから10万円を差し引くと、控除額は6万円。所得税の還付見込みは6万円×20％＝約1万2,000円、さらに住民税の軽減効果（税率10％）も加わり、合計で約1万8,000円の負担軽減が見込めます。

パターンB：セルフメディケーション税制を選択した場合

対象OTC医薬品5万円から足切りの1万2,000円を差し引くと、控除額は3万8,000円。所得税の還付見込みは3万8,000円×20％＝約7,600円、住民税と合わせて約1万1,400円の負担軽減となります。

このケースでは医療費控除（パターンA）を選んだほうが約6,600円有利です。一方、病院にほとんどかからずOTC医薬品の購入が中心の方は、セルフメディケーション税制のほうが得になることもあります。年間の支出構成を見ないと正しい判断はできないのです。

04見落としがちな「通院交通費」の処理と事業経費との按分

通院のための電車代やバス代は医療費控除の対象になります。しかし創業期の経営者が注意すべきなのは、事業に関連する移動と通院を同じ日に行った場合の按分です。

• 通院のみが目的の往復交通費はそのまま医療費控除に計上可能
• 事業の外出と通院を兼ねた移動の場合、通院に対応する部分のみが控除対象
• タクシー代は、やむを得ない理由（公共交通機関が利用できない場合など）がある場合に限り認められる
• 自家用車のガソリン代・駐車場代は医療費控除の対象外

交通費は領収書が出ないケースも多いため、日付・出発地・目的地・金額をメモやExcelで記録しておくことが大切です。ICカードの利用履歴をダウンロードして保管しておく方法も有効です。

0512月末までにやっておくチェックリスト

11月中に大まかな整理を終えたら、年末までに以下の項目を確認しておくとスムーズです。

1. 健康診断・人間ドックの結果通知書を保管しているか確認（セルフメディケーション税制の「一定の取組」の証明に必要）
2. 高額療養費や生命保険の給付金など、補てんされる金額を把握し差し引く
3. 家族分の医療費を合算できるか確認（生計を一にする配偶者やお子さんの分も対象）
4. マイナポータルの医療費通知データを年明け後に再度確認し、最新情報でe-Tax連携する
5. 有利判定の結果に基づき、医療費控除とセルフメディケーション税制のどちらで申告するか方針を決定する

06まとめ