創業期の「9月決算に向けた棚卸資産の実地棚卸」段取りガイド――初めての期末棚卸で押さえるべき手順・評価方法・帳簿との差異調整と税務上の留意点【2026年版】

「棚卸って、具体的に何をすればいいの？」――9月決算の創業期法人にとって、8月下旬から9月にかけてはまさに初めての実地棚卸を迎えるタイミングです。在庫の数え方から評価方法の届出、帳簿との差異が出たときの処理まで、やるべきことが多く不安を感じている方も多いのではないでしょうか。本記事では、2026年9月期の決算を控えたスタートアップ・小規模法人の経営者に向けて、現場で使えるチェックリスト形式で実地棚卸の段取りを解説します。

01なぜ実地棚卸が必要なのか――税務・会計上の位置づけ

棚卸資産は、売上原価を正しく算定するうえで欠かせない要素です。法人税法上、期末棚卸資産の金額は「売上原価＝期首棚卸高＋当期仕入高−期末棚卸高」の算式を通じて課税所得に直結します。帳簿上の在庫データだけでは、紛失・破損・数え間違いなどによるズレを把握できません。実地棚卸によって帳簿残高と実在庫を突き合わせ、正確な期末棚卸高を確定させることが決算の第一歩です。

特に創業初年度は、仕入や在庫管理のオペレーションが未成熟なことが多く、帳簿と実在庫の差異が大きくなりがちです。早めに段取りを組み、余裕をもって作業することが重要です。

02実地棚卸の実施手順――8月下旬からのスケジュール

ステップ1：事前準備（8月下旬）

• 棚卸実施日を決定する（9月決算なら決算日の9月30日当日、または直前の営業日が理想）
• 棚卸担当者の役割分担を決める（カウント担当・記録担当の2名1組が基本）
• 棚卸表（棚卸原票）の様式を準備する（品名・品番・数量・保管場所・備考欄を含む）
• 倉庫・保管場所の整理整頓を行い、在庫をエリアごとに区分する
• 仕掛品がある場合は、完成度（進捗率）の判定基準を事前に決めておく

ステップ2：棚卸当日の実施手順

1. 棚卸開始前に入出庫を締め切り、当日の仕入・出荷を停止またはカットオフする
2. エリアごとに「上から下」「左から右」の順に1品目ずつカウントし、棚卸原票に記録する
3. カウント完了エリアに「棚卸済み」の札や付箋を貼り、二重カウントを防止する
4. 数量に疑義がある品目は「要再カウント」として別途メモし、後から再確認する
5. 全エリア終了後、棚卸原票に担当者が署名・日付を記入する

ステップ3：集計・差異確認（棚卸後1〜2日以内）

• 棚卸原票をもとに品目別の実在庫数量を集計する
• 帳簿在庫数量と突き合わせ、差異リストを作成する
• 差異が生じた品目について原因を調査・記録する

03棚卸資産の評価方法――届出の確認と選択肢

法人税法上、棚卸資産の評価方法は大きく「原価法」と「低価法」に分かれ、原価法にはさらに複数の計算方式があります。創業期の法人が特に押さえるべき評価方法は次のとおりです。

主な評価方法の比較

• 最終仕入原価法（法定評価方法）：期末に最も近い仕入単価で全量を評価する方法。届出をしなかった場合に自動的に適用される法定評価方法です。計算がシンプルで、創業期の法人に最も多く採用されています。
• 総平均法：期首在庫と当期仕入の合計金額を合計数量で割った平均単価で評価する方法。仕入単価の変動が大きい場合に平準化効果があります。
• 個別法：個々の資産ごとに取得原価を紐づける方法。不動産業や高額商品を扱う業種に適しています。
• 低価法：原価法で算定した金額と期末時価のいずれか低い方で評価する方法。原価法との組み合わせで届出が必要です。

最終仕入原価法以外を採用する場合は、「棚卸資産の評価方法の届出書」を、設立第1期の確定申告書の提出期限（2026年9月決算なら2026年11月30日）までに所轄税務署へ提出する必要があります。届出がなければ最終仕入原価法が自動適用されますので、意図した方法を使いたい場合は早めに届出状況を確認してください。

04帳簿との差異が出たら――原因分析と会計処理

実地棚卸の結果、帳簿在庫との間に差異が生じることは珍しくありません。差異の原因は大きく以下の3つに分類できます。

1. 数量差異（棚卸減耗）：紛失、盗難、蒸発、計量誤差などにより、帳簿数量より実数量が少ないケース。差額は「棚卸減耗損」として原価または費用に計上します。
2. 記帳漏れ・タイミング差異：仕入計上や出荷計上の入力遅れが原因のケース。帳簿の修正仕訳で対応します。
3. 品質低下・陳腐化（評価損）：在庫の物理的な劣化や市場価格の下落により、帳簿価額を下回る価値しかないケース。

税務上の棚卸減耗損と評価損の計上要件

棚卸減耗損については、実地棚卸に基づく合理的な証拠がある限り、原則として損金算入が認められます。一方、棚卸資産の評価損を税務上損金に算入するには、法人税法第33条第2項および法人税法施行令第68条に定める以下のような「特別な事実」が必要です。

• 災害による著しい損傷
• 著しい陳腐化（型式の変更、新製品の発売等により通常の方法で販売できなくなった場合）
• 破損、型くずれ、品質変化等により通常の方法で販売できなくなった場合
• 会社更生法等の法的整理に伴う評価替え

単に「市場価格が少し下がった」というだけでは税務上の評価損は認められません。評価損を計上する場合は、その根拠となる写真・鑑定資料・販売不能を示す記録などを必ず保存しておきましょう。

05初めての期末棚卸チェックリスト

以下のチェックリストを活用し、抜け漏れなく棚卸を完了させましょう。

• 棚卸実施日・担当者・エリア区分を決定したか
• 棚卸原票（品名・数量・保管場所・備考）を準備したか
• 当日のカットオフ（入出庫停止）の段取りを関係者に周知したか
• 棚卸後、帳簿在庫との差異リストを作成したか
• 差異の原因を調査し、減耗損・記帳漏れ・評価損に分類したか
• 棚卸資産の評価方法の届出状況を確認したか（未届出なら最終仕入原価法が適用）
• 評価損を計上する場合、「特別な事実」の要件を満たす証拠資料を揃えたか
• 棚卸原票・差異分析資料を7年間保存する体制を整えたか

06創業期だからこそ、最初の棚卸を丁寧に

創業期の棚卸は、今後の在庫管理体制の基礎をつくる大切なプロセスです。初年度にしっかりとした手順を確立しておけば、2期目以降はスムーズに回せるようになります。在庫点数が少ないうちにこそ、正しい手順を身につけておきましょう。

「評価方法の届出をどうすればいいかわからない」「差異の処理に不安がある」といった場合は、決算直前に慌てる前に、早めに税理士へご相談いただくことをおすすめします。