【2026年10月】インボイス経過措置50%移行後の経理フロー再構築——仕訳・会計ソフト設定・申告書記載を具体例で解説

「2026年10月からインボイス経過措置の控除割合が80%から50%に下がるらしいけれど、日々の仕訳や会計ソフトの設定をどう変えればいいのかわからない」——創業期で経理担当もいない中、こうした不安を抱えている方は多いのではないでしょうか。届出や価格交渉の話はよく見かけても、実際の経理オペレーションの変更点をまとめた情報は意外と少ないものです。本記事では、2026年10月1日以降に変わる仕訳パターン、会計ソフトの税区分設定、そして期中に控除割合が切り替わる消費税申告書の記載方法まで、小規模事業者が「これだけ押さえれば大丈夫」と思えるレベルで具体的に解説します。

01何が変わるのか——80%控除から50%控除への移行ポイント

インボイス制度の経過措置では、適格請求書（インボイス）を発行できない免税事業者等からの仕入れについて、一定割合の仕入税額控除が認められています。この控除割合のスケジュールは以下のとおりです。

• 2023年10月1日〜2026年9月30日：仕入税額相当額の 80% を控除可能
• 2026年10月1日〜2029年9月30日：仕入税額相当額の 50% を控除可能
• 2029年10月1日以降：経過措置終了、控除 不可

つまり2026年10月1日を境に、免税事業者への支払いに対する消費税の控除額が大きく減少します。ここで重要なのは、届出手続きが不要であること。控除割合は日付により自動的に切り替わるため、「届出を忘れたから80%のまま」ということにはなりません。逆に言えば、経理処理側で能動的に仕訳・設定を変えなければ、申告時に誤りが生じるということです。

02仕訳パターンの変更——具体的な数字で確認

基本の考え方

免税事業者から税込11,000円（税抜10,000円、消費税相当額1,000円）の仕入れを行った場合を例にとります。税抜経理方式を前提とします。

2026年9月30日まで（80%控除）

控除できる消費税額：1,000円 × 80% = 800円
控除できない消費税額：1,000円 × 20% = 200円（仕入に上乗せまたは雑損失等で処理）

2026年10月1日以降（50%控除）

控除できる消費税額：1,000円 × 50% = 500円
控除できない消費税額：1,000円 × 50% = 500円

ご覧のとおり、同じ支払額でも仮払消費税等が800円から500円に減り、その分だけ仕入原価（経費）が増加します。利益を圧迫する要因になるため、損益管理の観点からも正確な処理が欠かせません。

03会計ソフトの税区分設定——主要ソフト別の変更手順

多くの会計ソフトでは、インボイス経過措置用の専用税区分が用意されています。2026年10月以降は、この税区分を「80%控除用」から「50%控除用」に切り替える操作が必要です。

freee会計の場合

1. 取引登録画面で税区分を選択する際、「課対仕入（税率10%）経過80%」を使用していた取引について、2026年10月1日以降の日付の取引からは「課対仕入（税率10%）経過50%」に変更する
2. 自動仕訳ルールやテンプレートに旧税区分が登録されている場合は、10月以前にルール自体を更新する
3. 軽減税率8%の取引についても同様に「経過80%」から「経過50%」へ変更する

マネーフォワード クラウド会計の場合

1. 仕訳入力時の税区分プルダウンから「課税仕入 経過措置50%」を選択する
2. 仕訳辞書・仕訳テンプレートを使っている場合は一括で税区分を更新する
3. アップデートにより自動で50%用税区分が追加されるケースが多いため、ソフトのバージョンを最新に保つ

弥生会計の場合

1. 「税区分」の一覧から、経過措置50%に対応する区分を使用する
2. 弥生シリーズは年度更新時に税区分が自動追加されることが多いが、念のため設定画面で確認する

04消費税申告書の記載変更——期中で割合が変わる事業年度の注意点

3月決算法人であれば、2026年4月〜2027年3月の事業年度は「前半6か月が80%控除・後半6か月が50%控除」となり、1つの申告書の中で2つの控除割合が混在します。個人事業主の場合は、2026年1月〜12月の申告で同様の混在が発生します。

申告書付表での区分記載

消費税申告書の付表では、経過措置による仕入税額控除の金額を記載する欄があります。80%控除分と50%控除分を分けて集計し、それぞれの合計額を記載する必要があります。具体的には以下の流れです。

1. 2026年9月30日以前の免税事業者等からの課税仕入れを集計し、消費税相当額 × 80%を算出する
2. 2026年10月1日以降の免税事業者等からの課税仕入れを集計し、消費税相当額 × 50%を算出する
3. 上記1と2の合算額を付表の該当欄に記載する

会計ソフトで税区分を正しく設定していれば、ソフトの消費税集計機能がこの区分計算を自動で行います。逆に言えば、税区分の設定さえ正しければ、申告書作成時に手計算する必要はほとんどありません。

05移行前チェックリスト——少人数体制でもミスを防ぐ5つのアクション

2026年9月中に以下を完了しておくことで、10月以降の経理をスムーズに移行できます。

1. 取引先リストの確認：免税事業者（インボイス未登録）の取引先を一覧化し、10月以降に税区分を切り替える対象を特定する
2. 会計ソフトのアップデート：ソフトを最新バージョンに更新し、50%控除用の税区分が利用可能か確認する
3. 自動仕訳ルール・テンプレートの修正：経過措置80%の税区分を使用しているルールをすべて50%に書き換える
4. 10月1日付テスト仕訳の入力：テスト環境または仮伝票で10月1日付の仕訳を入力し、仮払消費税等の計算が正しいか検算する
5. 9月分の締め処理を先に完了：9月末までの取引入力を早めに終わらせ、80%控除の取引と50%控除の取引が混在しない状態をつくる

06よくある疑問と実務上の補足

請求書の日付が9月、支払いが10月の場合はどちらの割合？

原則として「課税仕入れを行った日」が基準です。物の引渡しやサービスの提供が9月30日以前であれば80%控除、10月1日以降であれば50%控除を適用します。支払日ではなく取引の実態で判断する点にご注意ください。

簡易課税を選択している場合は影響ある？

簡易課税制度を選択している事業者は、みなし仕入率で仕入税額控除を計算するため、経過措置の控除割合変更の影響を受けません。免税事業者との取引についても、通常どおりの仕訳で問題ありません。