【2026年版】年末の消費税シミュレーションで簡易課税と本則課税の有利判定をやり直す──経過措置50%移行後の最終試算と届出変更の可否

「年初に簡易課税を選んだけれど、10月から経過措置が50%に下がって本則課税のほうが得だったかもしれない」──2026年も残り2か月となった今、そんな不安を抱えている創業期の経営者は少なくありません。インボイス経過措置の縮小は、年初時点のシミュレーション結果を大きく覆す可能性があります。本記事では、年末の実績ベースで簡易課税・本則課税それぞれの納税額を再試算する方法と、翌期の届出変更で損失を取り返すポイントを整理します。

012026年10月に何が変わったのか──経過措置80%から50%へ

インボイス制度では、免税事業者からの仕入について一定割合の仕入税額控除が認められる経過措置が設けられています。この経過措置は段階的に縮小される設計で、具体的なスケジュールは次のとおりです。

• 2023年10月1日～2026年9月30日：仕入税額相当額の80%を控除可能
• 2026年10月1日～2029年9月30日：仕入税額相当額の50%を控除可能
• 2029年10月1日以降：経過措置終了（控除不可）

つまり2026年10月を境に、免税事業者からの仕入にかかる控除額が80%から50%へと一気に30ポイント低下しました。本則課税を選択している事業者にとって、免税事業者との取引比率が高いほどこの影響は深刻です。

02なぜ年初のシミュレーションが逆転するのか

ケーススタディ：IT系スタートアップA社の場合

年商1,800万円（税抜）のA社を例に見てみましょう。A社は外注費が売上の40%を占め、そのうち半数がフリーランス（免税事業者）への発注です。業種はサービス業（みなし仕入率50%）とします。

年初（2026年1月）のシミュレーション：

• 本則課税の場合：売上にかかる消費税180万円 − 控除対象仕入税額（登録事業者分36万円＋免税事業者分36万円×80%＝28.8万円）＝ 納税額 約115.2万円
• 簡易課税の場合：180万円 ×（1−50%）＝ 納税額 90万円
• → 簡易課税が約25万円有利と判定

年末（2026年11月）の再シミュレーション：

10月以降の3か月分は経過措置が50%に縮小されるため、年間を通じた免税事業者分の控除額が減少します。しかしA社の場合、簡易課税は依然として有利です。では逆転するのはどのようなケースでしょうか。

逆転が起きやすいパターン

逆転が起きやすいのは、以下のような条件が重なるケースです。

1. 免税事業者からの仕入比率が低い（大半の仕入先がインボイス登録済み）
2. 実際の仕入率がみなし仕入率を上回っている（設備投資や大きな経費が発生した年）
3. 年初は免税事業者だった外注先が年の途中でインボイス登録した

特に創業2～3年目で設備投資が集中している場合、本則課税のほうが有利になるケースは珍しくありません。経過措置の縮小により免税事業者分の影響が小さくなった結果、本則課税のメリットが相対的に浮上する構図です。

03年末実績ベースの再シミュレーション手順

ステップ1：売上にかかる消費税を確定する

1月～10月の実績に、11月・12月の見込みを加えて年間の課税売上高を算出します。税率ごと（10%・8%軽減）に分けて集計してください。

ステップ2：本則課税の仕入税額控除を計算する

仕入・経費を次の3つに分類して集計します。

• インボイス発行事業者からの仕入：全額控除
• 免税事業者からの仕入（1月～9月分）：消費税相当額の80%を控除
• 免税事業者からの仕入（10月～12月分）：消費税相当額の50%を控除

ステップ3：簡易課税の納税額を計算する

売上にかかる消費税額に（1−みなし仕入率）を掛けるだけです。みなし仕入率は業種により40%～90%の6段階で、事業区分を正しく判定することが前提です。

ステップ4：差額を比較する

本則課税の納税額と簡易課税の納税額を並べ、どちらが有利かを確認します。年初の判定と結果が逆転していれば、翌期の届出変更を検討する段階に進みます。

04freee・マネーフォワードでの税区分集計手順

freee会計の場合

1. 「レポート」→「消費税区分別表」を開く
2. 期間を1月～12月（または事業年度）に指定
3. 税区分「課対仕入（控80%）」「課対仕入（控50%）」の金額をそれぞれ確認
4. インボイス未登録の取引先は、取引先マスタで「適格請求書発行事業者でない」にチェックが入っているか確認し、正しい税区分で記帳されているか見直す

マネーフォワード クラウド会計の場合

1. 「決算・申告」→「消費税集計表」を開く
2. 税区分ごとの集計を確認し、「80%控除対象」「50%控除対象」をそれぞれ抽出
3. 取引先ごとにインボイス登録番号が紐付いているかを「取引先一覧」で確認

いずれのソフトでも、経過措置の縮小に対応した税区分が自動適用されるのは、ソフトのバージョンや設定が最新であることが前提です。10月以降の仕訳について税区分が正しく切り替わっているか、必ず目視で確認してください。

05届出変更で取り返せるポイントと提出期限

翌期から簡易課税に変更したい場合

「消費税簡易課税制度選択届出書」を、適用を受けようとする課税期間の開始日の前日までに提出する必要があります。12月決算の個人事業主であれば2026年12月31日が提出期限です。3月決算法人であれば、翌事業年度開始日の前日（2027年3月31日）が期限となります。

翌期から本則課税に戻したい場合

簡易課税を選択している事業者が本則課税に戻すには、「消費税簡易課税制度選択不適用届出書」を同様に課税期間開始日の前日までに提出します。ただし、簡易課税の選択は原則として2年間の継続適用が義務付けられている点に注意が必要です。

届出提出期限の早見表（主なパターン）

• 個人事業主（12月決算）：2027年1月1日開始の課税期間に適用 → 届出期限は2026年12月31日
• 3月決算法人：2027年4月1日開始の事業年度に適用 → 届出期限は2027年3月31日
• 9月決算法人：2027年10月1日開始の事業年度に適用 → 届出期限は2027年9月30日

06判定を誤らないための3つのチェックリスト

1. 取引先のインボイス登録状況を最新化する：年の途中で登録・取消をした取引先がないか、国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで確認しましょう。
2. 来期の設備投資計画を織り込む：大きな設備投資が予定されている場合、本則課税のほうが有利になる可能性が高まります。単年ではなく2～3年のスパンでシミュレーションすることが重要です。
3. 2年縛りの終了時期を把握する：簡易課税の継続適用義務がいつ終わるかを確認し、届出変更が可能な最短のタイミングを逃さないようにしましょう。